Cuando Napoleón invade España, el repudio popular - allá y aquí - al Pacto de Bayona (l.808), por el cual se protocolizó la abdicación de Carlos IV, hace la coyuntura favorable al ánimo independentista.
Había de antaño malestares de diverso tipo: la exclusión de los criollos de toda participación en el gobierno; el peso excesivo de los impuestos; el monopolio del comercio que desazonaba a ingleses, holandeses y franceses, y que generaba además factores estructurales de recesión; y el absolutismo, que campeaba a contracorriente de las nuevas ideas liberales.
En Julio de 1.810 se produjo en Santa Fe un alzamiento detonado por motivos más bien triviales ( se los recuerda en "la Casa del Florero", esquina de la Plaza Mayor y lugar de los incidentes), que llevó a declarar Cabildo Abierto, a deponer al Virrey y a suscribir un Acta de Independencia, replicada en otras capitales y en las provincias.
Instalados los criollos en el poder, en lugar de cerrar filas alrededor de unos objetivos de unidad y defensa, disputan entre partidarios del legitimismo en favor del rey ausente, y quienes abogan por terminar todo vínculo con España. Resuelto el debate en favor de los segundos, se plantea un enfrentamiento mayor entre defensores de federalismo y centralismo, a cuya causa se desata la primera guerra civil.
Todavía ésta no ha sido plenamente superada cuando el Congreso granadino recoge a Simón Bolívar, un oficial caraqueño que llega derrotado a Cartagena, donde coopera en someter algunos focos de resistencia realistas. Con un ejército que el Congreso granadino le confía, Bolívar libera a Venezuela en una brillante y corta campaña.
Poco después, la derrota de los franceses en Europa hace que Fernando VII sea repuesto en el trono español. El monarca no se aviene a forma alguna de negociación con las antiguas colonias y se inicia la Reconquista.
Pablo Morillo sitia a Cartagena, asciende a Santa Fé, abate a los patriotas y reinstaura el Virreinato en l.816. Vienen la cárcel o el fusilamiento de los líderes granadinos y el exilio de Bolívar en Jamaica. Mientras Santander reorganiza en los llanos de Casanare un nuevo ejército y Páez combate en el Apure, Bolívar obtiene ayuda del régimen independiente de Haití para embarcarse de regreso, pero fracasa.
Luego, con apoyo de los ingleses en armas y tropas reinicia la guerra en el Orinoco en l.817, unificando alrededor suyo el mando. Deja a Páez en Venezuela y en compañía de Santander enfrenta a Barreiro, lugarteniente de Morillo, a quien derrotarìa en Boyacá en Agosto de l.819.